methylclock

DOI:10.18129 / B9.bioc.methylclock

这是发展methylclock版本;稳定的发布版本,请参阅methylclock。

Methylclock - DNA methylation-based时钟

Bioconductor版本:发展(3.17)

这个包可以估计时间和妊娠期DNA甲基化(DNAm)年龄和生理年龄使用不同的甲基化时钟。实足DNAm年龄(岁):霍的时钟,所有的时钟,BNN,霍皮+血时钟,PedBE时钟和吴邦国委员长的时钟。妊娠期DNAm年龄:骑士的时钟,波林的时钟,梅恩的时钟和李的时钟。生物DNAm时钟:莱文的时钟和端粒长度的时钟。

作者:悲哀Pelegri-Siso (aut (cre),胡安·r·冈萨雷斯(aut)

维护人员:悲哀Pelegri-Siso <悲哀。在isglobal.org pelegri >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“methylclock”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“methylclock”)

HTML	R脚本	使用不同甲基化时钟DNAm年龄
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	BiologicalQuestion,DNAMethylation,归一化,预处理,软件,StatisticalMethod
版本	1.5.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1.0),methylclockData,devtools,quadprog
进口	Rcpp(> = 1.0.6),ExperimentHub,dplyr,嫁祸于,PerformanceAnalytics,Biobase,ggpmisc,tidyverse,ggplot2,ggpubr,minfi,宠物猫,RPMM、统计数据、图表、tidyr,gridExtra,preprocessCore,dynamicTreeCut,地球
链接	Rcpp
建议	BiocStyle,knitr,GEOquery,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/isglobal-brge/methylclock
BugReports	https://github.com/isglobal-brge/methylclock/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	methylclock_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	methylclock_1.5.0.zip
macOS二进制(x86_64)	methylclock_1.5.0.tgz
macOS二进制(arm64)	methylclock_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylclock
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ methylclock
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/methylclock/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/methylclock/
包下载报告	下载数据