methylSig

DOI:10.18129 / B9.bioc.methylSig

这是发展甲基sig版本;稳定版请参见methylSig．

MethylSig: WGBS和RRBS数据的差异甲基化测试

Bioconductor版本:开发(3.17)

MethylSig是一个用于全基因组亚硫酸氢盐测序(WGBS)或还原亚硫酸氢盐测序(RRBS)实验中差异甲基化胞嘧啶(dmc)或区域(DMRs)测试的包。MethylSig使用beta二项式模型来测试各组样本之间的显著差异。对于特定于站点或滑动窗口测试以及方差估计，有几个选项。

作者:Yongseok Park [aut]， Raymond G. Cavalcante [aut, cre]

维护者:Raymond G. Cavalcante

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("methylSig")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“methylSig”)

超文本标记语言	R脚本	更新methylSig代码
超文本标记语言	R脚本	使用methylSig
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，DifferentialMethylation，表观遗传学，MethylSeq，回归，软件
版本	1.11.0
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.6)
进口	bsseq，DelayedArray，DelayedMatrixStats，DSS，IRanges，GenomeInfoDb，GenomicRanges，方法，并行，统计，S4Vectors
链接
建议	BiocStyle，bsseqData，knitr，rmarkdown，testthat(> =魅惑,covr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/sartorlab/methylSig/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	methylSig_1.11.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)	methylSig_1.11.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylSig
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/methylSig
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/methylSig/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/methylSig/
软件包下载报告	下载数据