methylKit

DOI:10.18129 / B9.bioc.methylKit

这是发展methylKit版本;稳定版请参见methylKit．

高通量亚硫酸氢盐测序结果的DNA甲基化分析

Bioconductor版本:开发(3.16)

methylKit是一个R包，用于高通量亚硫酸氢盐测序的DNA甲基化分析和注释。该软件包旨在处理来自RRBS及其变体的测序数据，以及目标捕获方法和全基因组亚硫酸氢盐测序。它还具有分析来自oxBS-Seq和TAB-Seq等实验协议的碱基对分辨率5hmC数据的功能。甲基化调用可以直接从Bismark对齐的BAM文件执行。

作者:Altuna Akalin [aut, cre]， Matthias Kormaksson [aut]， Sheng Li [aut]， Arsene Wabo [ctb]， Adrian Bierling [aut]， Alexander Gosdschan [aut]

维护者:Altuna Akalin ， Alexander Gosdschan

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("methylKit")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“methylKit”)

超文本标记语言	R脚本	methylKit:用户指南vs packageVersion('methylKit') '
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，MethylSeq，测序，软件
版本	1.23.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(5.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5.0)，GenomicRanges(>= 1.18.1)，方法
进口	IRanges，data.table(>= 1.9.6)，平行，S4Vectors(> = 0.13.13),GenomeInfoDb，KernSmooth，qvalue，emdbook，Rsamtools，gtools，fastseg，rtracklayer，mclust，mgcv，Rcpp，R.utils，limma， grDevices，图形，统计，utils
链接	Rcpp，Rhtslib(> = 1.13.1),zlibbioc
建议	testthat(> =魅惑,knitr，rmarkdown，genomation，BiocManager
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	http://code.google.com/p/methylkit/
全靠我
进口我	deconvR，MethCP，methInheritSim，methylInheritance
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	methylKit_1.23.0.tar.gz
Windows二进制	methylKit_1.23.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	methylKit_1.23.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylKit
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/methylKit
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/methylKit/
软件包下载报告	下载数据