methylKit

DOI:10.18129 / B9.bioc.methylKit

这是发展methylKit版本;稳定版请参见methylKit

高通量亚硫酸氢盐测序结果的DNA甲基化分析

Bioconductor版本:开发(3.16)

methylKit是一个R包,用于高通量亚硫酸氢盐测序的DNA甲基化分析和注释。该软件包旨在处理来自RRBS及其变体的测序数据,以及目标捕获方法和全基因组亚硫酸氢盐测序。它还具有分析来自oxBS-Seq和TAB-Seq等实验协议的碱基对分辨率5hmC数据的功能。甲基化调用可以直接从Bismark对齐的BAM文件执行。

作者:Altuna Akalin [aut, cre], Matthias Kormaksson [aut], Sheng Li [aut], Arsene Wabo [ctb], Adrian Bierling [aut], Alexander Gosdschan [aut]

维护者:Altuna Akalin , Alexander Gosdschan

引文(从R内,输入引用(“methylKit”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("methylKit")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“methylKit”)

超文本标记语言 R脚本 methylKit:用户指南vs packageVersion('methylKit') '
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DNAMethylationMethylSeq测序软件
版本 1.23.0
在Bioconductor BioC 3.4 (R-3.3)(5.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.5.0),GenomicRanges(>= 1.18.1),方法
进口 IRangesdata.table(>= 1.9.6),平行,S4Vectors(> = 0.13.13),GenomeInfoDbKernSmoothqvalueemdbookRsamtoolsgtoolsfastsegrtracklayermclustmgcvRcppR.utilslimma, grDevices,图形,统计,utils
链接 RcppRhtslib(> = 1.13.1),zlibbioc
建议 testthat(> =魅惑,knitrrmarkdowngenomationBiocManager
SystemRequirements GNU使
增强了
URL http://code.google.com/p/methylkit/
全靠我
进口我 deconvRMethCPmethInheritSimmethylInheritance
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 methylKit_1.23.0.tar.gz
Windows二进制 methylKit_1.23.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) methylKit_1.23.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylKit
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/methylKit
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/methylKit/
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