methrix

DOI:10.18129 / B9.bioc.methrix

这是发展methrix版本;稳定版请参见methrix．

快速高效地总结Bisufite测序的通用床图文件

Bioconductor版本:开发(3.16)

亚硫酸氢盐管道生成的地层图文件通常有不同的风格。关键的下游步骤需要将这些文件总结为甲基化/覆盖矩阵。数据聚合的这一步由Methrix完成，包括许多其他有用的下游函数。

作者:Anand Mayakonda [aut, cre]，瑞卡·托特[作家]， Rajbir Batra [ctb]， Clarissa Feuerstein-Akgöz [ctb]， Joschka Hey [ctb]， Maximilian Schönung [ctb]， Pavlo Lutsik [ctb]

维护者:Anand Mayakonda

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("methrix")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“methrix”)

超文本标记语言	R脚本	Methrix教程
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	报道，DNAMethylation，测序，软件
版本	1.11.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(2.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.6)，data.table(> = 1.12.4),SummarizedExperiment
进口	rtracklayer，DelayedArray，HDF5Array，BSgenome，DelayedMatrixStats，并行，方法，ggplot2，matrixStats，图形，统计，utils，GenomicRanges，IRanges
链接
建议	knitr，rmarkdown，DSS，bsseq，情节，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9，MafDb.1Kgenomes.phase3.GRCh38，MafDb.1Kgenomes.phase3.hs37d5，GenomicScores，Biostrings，RColorBrewer，GenomeInfoDb，testthat(> = 2.1.0的)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/CompEpigen/methrix
BugReports	https://github.com/CompEpigen/methrix/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	methrix_1.11.0.tar.gz
Windows二进制	methrix_1.11.0.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	methrix_1.11.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methrix
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/methrix
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/methrix/
软件包下载报告	下载数据