methimpute

DOI:10.18129 / B9.bioc.methimpute

这是发展methimpute的版本;稳定版请参见methimpute．

从WGBS数据推断引导重建完整甲基组

Bioconductor版本:开发(3.17)

该包实现了调用基因组中所有胞嘧啶甲基化的功能。

作者:Aaron Taudt

维护者:Aaron Taudt < Aaron。Taudt在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("methimpute")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“methimpute”)

PDF	R脚本	甲基化状态调用METHimpute
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道，DNAMethylation，表观遗传学，HiddenMarkovModel，ImmunoOncology，测序，软件
版本	1.21.0
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5.0)，GenomicRanges，ggplot2
进口	Rcpp(>= 0.12.4.5)，方法，utils, grDevices, stats，GenomeInfoDb，IRanges，Biostrings，reshape2，minpack.lm，data.table
链接	Rcpp
建议	knitr，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	methimpute_1.21.0.tar.gz
Windows二进制	methimpute_1.21.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	methimpute_1.21.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	methimpute_1.21.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methimpute
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/methimpute
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/methimpute/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/methimpute/
软件包下载报告	下载数据