metaseqR2

DOI:10.18129 / B9.bioc.metaseqR2

这是发展metaseqR2版本;稳定版请参见metaseqR2．

通过组合多种统计算法，用于RNA-Seq数据的分析和结果报告的R包

Bioconductor版本:开发(3.16)

为RNA-Seq基因表达数据提供几个标准化和统计测试包的接口。此外，它还创建了几个诊断图，通过结合几个统计测试的结果进行元分析，并以交互式方式报告结果。

作者:Panagiotis Moulos [aut, cre]

维护者:Panagiotis Moulos < Moulos at fleming.gr>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("metaseqR2")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“metaseqR2”)

超文本标记语言	R脚本	为metaseqR2构建注释数据库
超文本标记语言	R脚本	RNA-Seq数据分析与metaseqR2
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq，AlternativeSplicing，BatchEffect，贝叶斯，BiomedicalInformatics，CellBiology，ChIPSeq，聚类，DataImport，DifferentialExpression，DifferentialSplicing，表观遗传学，FunctionalGenomics，GeneExpression，GeneSetEnrichment，ImmunoOncology，MultipleComparison，归一化，预处理，ProprietaryPlatforms，质量控制，RNASeq，回归，ReportWriting，测序，软件，SystemsBiology，TimeCourse，转录，转录组，WorkflowStep
版本	1.9.2
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R (>= 4.0.0)，DESeq2，limma，locfit,样条函数
进口	ABSSeq，baySeq，Biobase，BiocGenerics，BiocParallel，biomaRt，Biostrings，corrplot，DSS，DT，EDASeq，刨边机，genefilter，GenomeInfoDb，GenomicAlignments，GenomicFeatures，GenomicRanges，gplots，图形，grDevices，harmonicmeanp，的热图，htmltools，httr，IRanges，jsonlite，晶格，log4r，magrittr，质量，矩阵、方法、NBPSeq，老鸨平行,qvalue，rmarkdown，rmdformats，Rsamtools，RSQLite，rtracklayer，S4Vectors统计数据,stringr，SummarizedExperiment，survcomp跑龙套,维恩图，vsn，yaml，动物园
链接
建议	BiocManager，BSgenome，knitr，RMySQL，RUnit
SystemRequirements
增强了	移行细胞癌
URL	http://www.fleming.gr
BugReports	https://github.com/pmoulos/metaseqR2/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	metaseqR2_1.9.2.tar.gz
Windows二进制	metaseqR2_1.9.2.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	metaseqR2_1.9.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metaseqR2
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/metaseqR2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/metaseqR2/
软件包下载报告	下载数据