metagenomeSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.metagenomeSeq

这是发展metagenomeSeq版本;稳定版请参见metagenomeSeq．

稀疏高通量测序的统计分析

Bioconductor版本:开发(3.17)

metagenomeSeq用于确定两个或多个样本组之间差异丰富的特征(如操作分类单元(Operational Taxanomic Unit, OTU)、物种等)。metagenomeSeq旨在解决微生物群落的标准化和不足采样对疾病关联检测和特征相关性测试的影响。

作者:Joseph Nathaniel Paulson, Nathan D. Olson, Domenick J. Braccia, Justin Wagner, Hisham Talukder, Mihai Pop, Hector Corrada Bravo

维护者:Joseph N. Paulson

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("metagenomeSeq")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“metagenomeSeq”)

PDF	R脚本	fitTimeSeries:通过时间或位置的差异丰度分析
PDF	R脚本	metagenomeSeq:稀疏高通量测序的统计分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类，聚类，DifferentialExpression，GeneticVariability，ImmunoOncology，宏基因组，微生物组，MultipleComparison，归一化，测序，软件，可视化
版本	1.41.0
在Bioconductor	BioC 2.12 (R-3.0)(10年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.0)，Biobase，limma，glmnet、方法、RColorBrewer
进口	平行,matrixStats，foreach，矩阵，gplots，图形，grDevices，统计，utils，扳手
链接
建议	注释，BiocGenerics，biomformat，knitr，gss，testthat(> = 0.8),素食主义者，interactiveDisplay，IHW
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/nosson/metagenomeSeq/
BugReports	https://github.com/nosson/metagenomeSeq/issues
全靠我	etec16s，metavizr，microbiomeExplorer，msd16s
进口我	benchdamic，Maaslin2，microbiomeDASim，microbiomeMarker
建议我	interactiveDisplay，phyloseq，scTreeViz，扳手
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	metagenomeSeq_1.41.0.tar.gz
Windows二进制	metagenomeSeq_1.41.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	metagenomeSeq_1.41.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	metagenomeSeq_1.41.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metagenomeSeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/metagenomeSeq
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/metagenomeSeq/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/metagenomeSeq/
软件包下载报告	下载数据