metagene

doi:10.18129/b9.bioc.metagene

这是发展Metagene的版本;对于稳定版本,请参阅metagene

生产metagene地块的包装

生物导体版本:开发(3.16)

该软件包产生了元原子图,以比较选定基因/特征组的DNA相互作用蛋白的行为。BAM文件用于增加分辨率。可以在单个分析中比较一组BAM文件和/或基因组区域组的多重组合。Bootstraping分析用于比较各组并找到具有统计学上不同富集曲线的区域。

作者:Charles Joly Beauparlant ,Fabien Claude Lamaze ,Rawane samb 在ulaval.ca>,Cedric Lippens cedric Lippens

维护者:Charles Joly Beauparlant

引用(从r内,输入引用(“ metagene”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(decon ='devel')biocmanager :: install(“ metagene”)的用法

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Metagene”)

html R脚本 Metagene简介
html R脚本 RNA-Seq Exp
PDF 参考手册
文本 消息
文本 执照

细节

生物浏览 结盟,,,,chipseq,,,,覆盖范围,,,,遗传学,,,,多重组合,,,,测序,,,,软件
版本 2.29.0
在生物导体中 Bioc 3.0(R-3.1)(8年)
执照 Artistic-2.0 |文件执照
要看 r(> = 3.5.0),R6(> = 2.0),基因组机,,,,生物比较
进口 rtracklayer,,,,GPLOTS, 工具,基因组签名,,,,GenomeInfodB,,,,GenomicFeatures,,,,iranges,,,,GGPLOT2,必须rsamtools,,,,矩阵,,,,purrr,,,,Data.Table,,,,马格里特,方法,utils,Ensembldb,,,,ensdb.hsapiens.v86,,,,Stringr
链接
建议 生物基因,,,,相似,,,,运行,,,,尼特,,,,生物使用,,,,rmarkDown,,,,相似
系统要求
增强
URL
BugReports https://github.com/charlesjb/metagene/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 metagene_2.29.0.tar.gz
Windows二进制 metagene_2.29.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) metagene_2.29.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metagene
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/metagene
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/metagene/
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