metabCombiner

DOI:10.18129 / B9.bioc.metabCombiner

这是发展metabCombiner版本;稳定的发布版本,请参阅metabCombiner。

质代谢组学特征测量相结合的方法

Bioconductor版本:发展(3.18)

这个包将LC-HRMS代谢组学数据集从生理上获得类似的标本分析相似,但不一定相同,条件。Peak-picked并简单地对齐代谢组学特性表(包括m / z、rt和样品丰富测量,加上可选标识符和注释加合物)被接受作为输入。包输出特性对校准表相结合,组织成m / z组相似,相似度得分和排名。输入表认为是获得使用类似(但不一定相同)分析方法。

作者:哈尼族拉(aut (cre),真主安拉Karnovsky(黑色)

维护人员:哈尼族< hhabra1 gmail.com >拉汉

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“metabCombiner”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“metabCombiner”)

HTML	R脚本	与metabCombiner结合质代谢组学数据集
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	MassSpectrometry,代谢组学,软件
版本	1.11.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0)
进口	dplyr(> = 1.0)、方法mgcv,插入符号,S4Vectors,统计,跑龙套,rlang、图形matrixStats tidyr
链接
建议	knitr、rmarkdown testthat,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://www.github.com/hhabra/metabCombiner/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	metabCombiner_1.11.0.tar.gz
Windows二进制	metabCombiner_1.11.0.zip
macOS二进制(x86_64)	metabCombiner_1.11.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metabCombiner
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ metabCombiner
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/metabCombiner/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/metabCombiner/
包下载报告	下载数据