megadepth

DOI:10.18129 / B9.bioc.megadepth

这是发展megadepth版本;稳定的发布版本,请参阅megadepth。

megadepth:权贵和BAM相关的实用程序

Bioconductor版本:发展(3.17)

这个包提供了一个R接口Megadepth由克里斯托弗·威尔克斯可以在https://github.com/ChristopherWilks/megadepth。是特别有用的计算一组基因的覆盖地区要人或BAM文件。与这个包,您可以构建碱基对覆盖矩阵对地区或注释从大佬您所选择的文件。Megadepth被用来创建//www.anjoumacpherson.com/packages/recount3提供的原始文件。

作者:达芬奇Collado-Torres (aut)大卫·张(aut cre)

维修工:David Zhang < david.zhang。12在ucl.ac.uk >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“megadepth”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“megadepth”)

HTML	R脚本	megadepth快速入门指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		安装

细节

biocViews	报道,DataImport,预处理,RNASeq,软件,转录组
版本	1.9.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	xfun跑龙套,fs,GenomicRanges,readr,cmdfun,dplyr,magrittr
链接
建议	covr,knitr,BiocStyle,sessioninfo,rmarkdown,rtracklayer,derfinder,GenomeInfoDb、工具、RefManageR,testthat
SystemRequirements	megadepth ( )
增强了
URL	https://github.com/LieberInstitute/megadepth
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/megadepth
取决于我
进口我	dasper,奥得河
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	megadepth_1.9.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/megadepth
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ megadepth
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/megadepth/
包下载报告	下载数据