马提尼

DOI:10.18129 / B9.bioc.martini

这是发展马提尼的版本;稳定版请参见马提尼．

GWAS合并网络

Bioconductor版本:开发(3.17)

martini通过将先验知识表示为网络来处理GWAS研究固有的低功率。snp是网络的顶点，边缘代表它们之间的生物学关系(基因组邻接，属于同一基因，蛋白质产物之间的物理相互作用)。使用scone扫描该网络，寻找与表型最大程度相关的snp组，形成一个紧密的子网络。

作者:Hector Climente-Gonzalez [aut, cre]，克洛伊-阿加特·阿泽科特[au]

维护者:Hector Climente-Gonzalez < Hector。瑞肯的气候。jp>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("martini")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“马提尼”)

超文本标记语言	R脚本	运行烤饼
超文本标记语言	R脚本	模拟基于scone的表型
PDF		参考手册

细节

biocViews	FeatureExtraction，GeneticVariability，遗传学，GenomeWideAssociation，GraphAndNetwork，网络，单核苷酸多态性，软件
版本	1.19.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(4.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.0)
进口	igraph(> = 1.0.1),矩阵，方法(>= 3.3.2)，Rcpp(> = 0.12.8),snpStats(>= 1.20.0)， stats, utils
链接	Rcpp，RcppEigen(> = 0.3.3.5.0)
建议	biomaRt(> = 2.34.1),circlize(> = 0.4.11),STRINGdb(> = 2.2.0),httr(> = 1.2.1),IRanges(> = 2.8.2),S4Vectors(> = 0.12.2),memoise(> = 2.0.0),knitr，testthat，readr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/hclimente/martini
BugReports	https://github.com/hclimente/martini/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	martini_1.19.0.tar.gz
Windows二进制	martini_1.19.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	martini_1.19.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	martini_1.19.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/martini
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/martini
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/martini/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/martini/
软件包下载报告	下载数据