maftools

DOI:10.18129 / B9.bioc.maftools

这是发展maftools版本;稳定的发布版本,请参阅maftools。

总结、分析和可视化加器文件

Bioconductor版本:发展(3.17)

于分析和可视化变异注释格式文件从大规模测序研究。这个包提供了各种功能执行最常用的分析癌症基因组学和创建功能丰富的可定制的visualzations以最小的努力。

作者:Anand Mayakonda (aut (cre)

维护人员:Anand Mayakonda < anand_mt hotmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“maftools”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“maftools”)

HTML	R脚本	01:总结、分析和可视化加器文件
HTML	R脚本	02:定制oncoplots
HTML	R脚本	03:癌症报告
HTML	R脚本	04:拷贝数分析
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	分类,DNASeq,DataRepresentation,DriverMutation,FeatureExtraction,FunctionalGenomics,测序,软件,SomaticMutation,生存,VariantAnnotation,可视化
版本	2.15.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(6.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.3)
进口	data.table、grDevices、方法RColorBrewer,Rhtslib,生存,DNAcopy
链接	Rhtslib,zlibbioc
建议	berryFunctions,Biostrings,BSgenome,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,GenomicRanges,IRanges,knitr,mclust,MultiAssayExperiment,NMF,R.utils,RaggedExperiment,rmarkdown,S4Vectors,pheatmap,旋度
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	https://github.com/PoisonAlien/maftools
BugReports	https://github.com/PoisonAlien/maftools/issues
取决于我
进口我	CIMICE,katdetectr,musicatk,TCGAWorkflow
建议我	GenomicDataCommons,MultiAssayExperiment,survtype,TCGAbiolinks
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	maftools_2.15.0.tar.gz
Windows二进制	maftools_2.15.0.zip
macOS二进制(x86_64)	maftools_2.15.0.tgz
macOS二进制(arm64)	maftools_2.15.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/maftools
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ maftools
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/maftools/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/maftools/
包下载报告	下载数据