Lumi

doi:10.18129/b9.bioc.lumi

这是发展Lumi的版本;对于稳定版本,请参阅Lumi

Beadarray的光明甲基化和表达微阵列的特定方法

生物导体版本:开发(3.14)

Lumi软件包为Illumina微阵列数据分析提供了集成解决方案。它包括Illumina beadstudio(Genomestudio)数据输入,质量控制,Beadarray特异性方差稳定,归一化和基因注释在探针水平上的功能。它还包括处理Illumina甲基化微阵列的功能,尤其是Illumina Infinium甲基化微阵列。

作者:Pan Du,Richard Bourgon,Gang Feng,Simon Lin

维护者:lei huang

引用(从r内,输入引用(“ Lumi”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.1”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化了Bioc Devel Biocmanager :: Install(decon ='devel')biocmanager :: install('devel')biocmanager :: install(“ lumi”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 DNAMETHYLATY,,,,微阵列,,,,Onechannel,,,,预处理,,,,QualityControl,,,,软件,,,,两通道
版本 2.45.0
在生物导体中 Bioc 2.0(R-2.5)(14年)
执照 LGPL(> = 2)
要看 r(> = 2.10),生物酶(> = 2.5.5)
进口 副词(> = 1.23.4),甲基菌(> = 2.3.2),GenomicFeatures,,,,基因组机,,,,注释,,,,格子,,,,MGCV(> = 1.4-0),nleqslv,,,,克恩斯门茶,,,,预处理,,,,rsqlite,,,,DBI,,,,AnnotationDbi,,,,大量的,图形,统计,统计4,方法
链接
建议 Beadarray,,,,林玛,,,,VSN,,,,Lumibarnes,Lumihumanall.db,Lumhumanidmapping,GeneFilter,,,,rcolorbrewer
系统要求
增强
URL
取决于我 ffpeexampledata,,,,Icheck,,,,Lumibarnes,,,,maqcsubset,,,,maqcsubsetilm,,,,mvoutdata,,,,西瓜
进口我 arraymvout,,,,FFPE,,,,米尼卡
建议我 Beadarray,,,,Blima,,,,哈曼,,,,甲基菌,,,,蒂格
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 lumi_2.45.0.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13(高山脉) Lumi_2.45.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/lumi
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/lumi
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/lumi/
软件包下载报告 下载统计

文档»

生物导体

r/克兰软件包和文档

支持»

请阅读发布指南。向以下位置之一发布有关生物导体的问题:

  • 支持网站- 有关生物处理套件的问题
  • 正常词 邮件列表 - 包装开发人员bob电竞体育官网