Lumi

doi：10.18129/b9.bioc.lumi

这是发展Lumi的版本；对于稳定版本，请参阅Lumi。

Beadarray的光明甲基化和表达微阵列的特定方法

生物导体版本：开发（3.14）

Lumi软件包为Illumina微阵列数据分析提供了集成解决方案。它包括Illumina beadstudio（Genomestudio）数据输入，质量控制，Beadarray特异性方差稳定，归一化和基因注释在探针水平上的功能。它还包括处理Illumina甲基化微阵列的功能，尤其是Illumina Infinium甲基化微阵列。

作者：Pan Du，Richard Bourgon，Gang Feng，Simon Lin

维护者：lei huang

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化了Bioc Devel Biocmanager :: Install（decon ='devel'）biocmanager :: install（'devel'）biocmanager :: install（“ lumi”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	DNAMETHYLATY，，，，微阵列，，，，Onechannel，，，，预处理，，，，QualityControl，，，，软件，，，，两通道
版本	2.45.0
在生物导体中	Bioc 2.0（R-2.5）（14年）
执照	LGPL（> = 2）
要看	r（> = 2.10），生物酶（> = 2.5.5）
进口	副词（> = 1.23.4），甲基菌（> = 2.3.2），GenomicFeatures，，，，基因组机，，，，注释，，，，格子，，，，MGCV（> = 1.4-0），nleqslv，，，，克恩斯门茶，，，，预处理，，，，rsqlite，，，，DBI，，，，AnnotationDbi，，，，大量的，图形，统计，统计4，方法
链接
建议	Beadarray，，，，林玛，，，，VSN，，，，Lumibarnes，Lumihumanall.db，Lumhumanidmapping，GeneFilter，，，，rcolorbrewer
系统要求
增强
URL
取决于我	ffpeexampledata，，，，Icheck，，，，Lumibarnes，，，，maqcsubset，，，，maqcsubsetilm，，，，mvoutdata，，，，西瓜
进口我	arraymvout，，，，FFPE，，，，米尼卡
建议我	Beadarray，，，，Blima，，，，哈曼，，，，甲基菌，，，，蒂格
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	lumi_2.45.0.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13（高山脉）	Lumi_2.45.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/lumi
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/lumi
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/lumi/
软件包下载报告	下载统计