lisaClust

DOI:10.18129 / B9.bioc.lisaClust

这是发展lisaClust版本;稳定的发布版本,请参阅lisaClust。

空间协会lisaClust:集群当地的指标

Bioconductor版本:发展(3.17)

lisaClust提供了一系列的函数来识别和想象的区域组织,细胞类型之间的空间关系是相似的。这个包可以用来提供一个高层次的总结程控colocalization在多路复用成像数据分段单细胞决议。

作者:艾利斯帕特里克(aut (cre),尼古拉斯单丝绢丝(aut)

维护人员:艾利斯帕特里克<埃利斯。帕特里克在sydney.edu.au >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“lisaClust”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“lisaClust”)

HTML	R脚本	Inroduction, lisaClust
PDF		参考手册

细节

biocViews	CellBasedAssays,SingleCell,软件,空间
版本	1.7.1上
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 4.0)
进口	ggplot2,类,concaveman、网格BiocParallel,spatstat.explore,spatstat.geom,BiocGenerics,S4Vectors、方法、spicyR,purrr统计数据,data.table,dplyr,tidyr,SingleCellExperiment,SpatialExperiment,SummarizedExperiment,pheatmap
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/ellispatrick/lisaClust/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	lisaClust_1.7.1.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)	lisaClust_1.7.1.tgz
macOS二进制(arm64)	lisaClust_1.7.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/lisaClust
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ lisaClust
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/lisaClust/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/lisaClust/
包下载报告	下载数据