lipidr

DOI:10.18129 / B9.bioc.lipidr

这是发展lipidr版本;稳定的发布版本,请参阅lipidr。

Lipidomics数据集的数据挖掘和分析

Bioconductor版本:发展(3.17)

lipidr下游一个易于使用的R包实现一个完整的工作流分析有针对性的和无目的的lipidomics数据。lipidomics结果可以导入lipidr数值矩阵或天际线出口,允许集成到当前的分析框架。lipidomics数据集的数据挖掘与代谢组学工作台通过集成API。lipidr允许数据检验、标准化、单变量和多变量分析,显示信息可视化。lipidr还实现了一种新型的脂质组富集分析(LSEA),利用分子信息,如脂质类,总链长度和不饱和现象。

作者:艾哈迈德穆罕默德(cre)艾哈迈德·穆罕默德(aut) Jeffrey Molendijk (aut)

维修工:艾哈迈德穆罕默德<穆罕默德在kuicr.kyoto-u.ac.jp >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“lipidr”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“lipidr”)

HTML	R脚本	lipidr_workflow
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	Lipidomics,MassSpectrometry,归一化,质量控制,软件,可视化
版本	2.13.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(4年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.6.0),SummarizedExperiment
进口	方法、统计跑龙套,data.table,S4Vectors,rlang,dplyr,tidyr,forcats,ggplot2,limma,fgsea,ropls,imputeLCMD,magrittr
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle,ggrepel,情节,iheatmapr,拼写,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ahmohamed/lipidr
BugReports	https://github.com/ahmohamed/lipidr/issues/
取决于我
进口我
建议我	rgoslin
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	lipidr_2.13.0.tar.gz
Windows二进制	lipidr_2.13.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	lipidr_2.13.0.tgz
macOS二进制(arm64)	lipidr_2.13.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/lipidr
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ lipidr
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/lipidr/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/lipidr/
包下载报告	下载数据