lineagespot

DOI:10.18129 / B9.bioc.lineagespot

这是发展lineagspot版本;稳定版请参见lineagespot．

利用新一代测序技术检测废水样品中的SARS-CoV-2谱系

Bioconductor版本:开发(3.17)

lineagspot是一个用R语言编写的框架，旨在基于单个(或列表)变体文件(即变体调用格式)识别与SARS-CoV-2相关的突变。该方法有助于利用下一代测序技术检测废水样品中的SARS-CoV-2谱系，并试图推断SARS-CoV-2谱系的潜在分布。

作者:Nikolaos Pechlivanis [aut, cre]， Maria Tsagiopoulou [aut]， Maria Christina Maniou [aut]， Anastasis Togkousidis [aut]， Evangelia Mouchtaropoulou [aut]， Taxiarchis Chassalevris [aut]， Serafeim Chaintoutis [aut]， Chrysostomos Dovas [aut]， Maria Petala [aut]， Margaritis Kostoglou [aut]， Thodoris Karapantsios [aut]， stamaritis Laidou [aut]， Elisavet Vlachonikola [aut]， Aspasia Orfanou [aut]， Styliani-Christina Fragkouli [aut]， Sofoklis Keisaris [aut]， Anastasia Chatzidimitriou [aut]， Agis Papadopoulos [aut]，Nikolaos Papaioannou [aut]， Anagnostis Argiriou [aut]， Fotis E. Psomopoulos [aut]

维护者:Nikolaos Pechlivanis

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("lineagespot")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“lineagespot”)

超文本标记语言	R脚本	lineagspot用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	测序，软件，VariantAnnotation，VariantDetection
版本	1.3.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(1年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于
进口	VariantAnnotation，MatrixGenerics，SummarizedExperiment，data.table，stringr，httr,跑龙套
链接
建议	BiocStyle，RefManageR，rmarkdown，knitr，testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BiodataAnalysisGroup/lineagespot
BugReports	https://github.com/BiodataAnalysisGroup/lineagespot/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	lineagespot_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	lineagespot_1.3.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	lineagespot_1.3.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	lineagespot_1.3.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/lineagespot
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ lineagspot
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/lineagespot/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/lineagespot/
软件包下载报告	下载数据