lefser

DOI:10.18129 / B9.bioc.lefser

这是发展lefser版本;稳定的发布版本,请参阅lefser。

R LEfSE方法实施微生物生物标志物的发现

Bioconductor版本:发展(3.18)

lefser R的一个实现流行“LDA效应大小(LEfSe)”方法,微生物生物标志物的发现。它使用克鲁斯卡尔-沃利斯检验,Wilcoxon-Rank和测试,和线性判别分析,找到组织和群体的生物标志物。

作者:Asya Khleborodova (cre, aut],路德维希Geistlinger[所有],马塞尔•拉莫斯(施)利未,沃尔德伦(施)

维护人员:Asya Khleborodova < Asya。在gmail.com bioconductor >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“lefser”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“lefser”)

HTML	R脚本	介绍lefser R LEfSE软件的实现生物标志物发现微生物分析。
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类,DifferentialExpression,微生物组,测序,软件,StatisticalMethod
版本	1.11.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	SummarizedExperimentR (> = 4.0.0)
进口	硬币,质量,ggplot2、属性、方法
链接
建议	knitr rmarkdown,curatedMetagenomicData,BiocStyle,pkgdown testthat covr withr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/waldronlab/lefser
BugReports	https://github.com/waldronlab/lefser/issues
取决于我
进口我	ggpicrust2
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	lefser_1.11.0.tar.gz
Windows二进制	lefser_1.11.0.zip
macOS二进制(x86_64)	lefser_1.11.0.tgz
macOS二进制(arm64)	lefser_1.11.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/lefser
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ lefser
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/lefser/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/lefser/
包下载报告	下载数据