karyoploteR

DOI:10.18129 / B9.bioc.karyoploteR

这是发展karyoploteR版本;稳定的发布版本,请参阅karyoploteR。

情节可定制的线性基因组显示任意数据

Bioconductor版本:发展(3.16)

karyoploteR创建核型块任意基因组和提供了一套完整的函数绘制任意数据。它模仿许多R基本图形函数耦合用坐标变化函数自动染色体和数据坐标映射到绘制坐标。除了提供的数据绘制功能,很容易添加新的。

作者:Bernat凝胶< bgel在igtp.cat >

维护人员:Bernat凝胶< bgel在igtp.cat >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“karyoploteR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“karyoploteR”)

HTML	R脚本	karyoploteR装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,CopyNumberVariation,报道,DNASeq,DataImport,MethylSeq,OneChannel,测序,软件,可视化
版本	1.23.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(5.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.4),地区,GenomicRanges、方法
进口	地区,GenomicRanges,IRanges,Rsamtools、统计数据、图表、memoise,rtracklayer,GenomeInfoDb,S4Vectors,biovizBase,消化,贝塞尔曲线,GenomicFeatures,bamsignals,AnnotationDbigrDevices,VariantAnnotation
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,减价,testthat,magrittr,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,pasillaBamSubset
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/bernatgel/karyoploteR
BugReports	https://github.com/bernatgel/karyoploteR/issues
取决于我	CopyNumberPlots
进口我	CNVfilteR,CNViz,multicrispr,RIPAT
建议我	类别,EpiMix
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	karyoploteR_1.23.0.tar.gz
Windows二进制	karyoploteR_1.23.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	karyoploteR_1.23.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/karyoploteR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ karyoploteR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/karyoploteR/
包下载报告	下载数据