isomiRs

DOI:10.18129 / B9.bioc.isomiRs

这是发展isomiRs版本;稳定的发布版本,请参阅isomiRs。

分析小型RNA-seq isomiRs和microrna

Bioconductor版本:发展(3.17)

描述的microrna isomiRs,集群和微分表达式。

作者:曾淡水沼泽(aut (cre),格鲁吉亚Escaramis (aut) (CIBERESP - cib Epidemiologia y祝您健康上市)

维护人员:曾淡水沼泽<罗瑞拉。淡水沼泽gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“isomiRs”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“isomiRs”)

HTML	R脚本	microrna和isomiR分析
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类,DifferentialExpression,ImmunoOncology,RNASeq,软件,microrna的
版本	1.27.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(6.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0),SummarizedExperiment
进口	AnnotationDbi,assertive.sets,BiocGenerics,Biobase,扫帚,集群,cowplot,DEGreport,DESeq2,IRanges,dplyr,GenomicRanges,gplots,ggplot2,gtools,gridExtra、网格grDevices、图形GGally,limma、方法、RColorBrewer,readr,重塑,rlang统计数据,stringr,S4Vectors,tidyr,宠物猫
链接
建议	knitr,rmarkdown,org.Mm.eg.db,targetscan.Hs.eg.db,pheatmap,BiocStyle,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/lpantano/isomiRs/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	isomiRs_1.27.0.tar.gz
Windows二进制	isomiRs_1.27.0.zip
macOS二进制(x86_64)	isomiRs_1.27.0.tgz
macOS二进制(arm64)	isomiRs_1.27.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/isomiRs
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ isomiRs
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/isomiRs/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/isomiRs/
包下载报告	下载数据