infercnv

DOI:10.18129 / B9.bioc.infercnv

这是发展infercnv版本;稳定版请参见infercnv．

从单细胞RNA-Seq数据推断拷贝数变化

Bioconductor版本:开发(3.17)

利用单细胞RNA-Seq表达可视化细胞内CNV。

作者:Timothy Tickle [aut]， Itay Tirosh [aut]， Christophe Georgescu [aut, cre]， Maxwell Brown [aut]， Brian Haas [aut]

维护:Christophe Georgescu

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("infercnv")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“infercnv”)

超文本标记语言	R脚本	单细胞RNA-Seq表达数据中大规模拷贝数变化的可视化
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	贝叶斯，CopyNumberVariation，遗传学，GenomicVariation，HiddenMarkovModel，SingleCell，软件，StatisticalMethod，StructuralVariation，转录组，VariantDetection
版本	1.15.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(3.5年)
许可证	BSD_3_clause +文件许可证
取决于	R (>= 4.0)
进口	图形、grDevicesRColorBrewer，gplots，futile.logger，统计，utils，方法，猿，phyclust，矩阵，fastcluster，parallelDist，dplyr，HiddenMarkov，ggplot2，刨边机，硬币，caTools，消化，RANN，igraph，reshape2，rjags，fitdistrplus，未来，foreach，doParallel，修拉，BiocGenerics，SummarizedExperiment，SingleCellExperiment，tidyr平行,coda，gridExtra，argparse
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements	缺口4. x.y
增强了
URL	https://github.com/broadinstitute/inferCNV/wiki
BugReports	https://github.com/broadinstitute/inferCNV/issues
全靠我
进口我
建议我	SCpubr
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	infercnv_1.15.0.tar.gz
Windows二进制	infercnv_1.15.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	infercnv_1.15.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	infercnv_1.15.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/infercnv
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/infercnv
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/infercnv/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/infercnv/
软件包下载报告	下载数据