infercnv

DOI:10.18129 / B9.bioc.infercnv

这是发展infercnv版本;稳定版请参见infercnv

从单细胞RNA-Seq数据推断拷贝数变化

Bioconductor版本:开发(3.17)

利用单细胞RNA-Seq表达可视化细胞内CNV。

作者:Timothy Tickle [aut], Itay Tirosh [aut], Christophe Georgescu [aut, cre], Maxwell Brown [aut], Brian Haas [aut]

维护:Christophe Georgescu

引文(从R内,输入引用(“infercnv”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("infercnv")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“infercnv”)

超文本标记语言 R脚本 单细胞RNA-Seq表达数据中大规模拷贝数变化的可视化
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 贝叶斯CopyNumberVariation遗传学GenomicVariationHiddenMarkovModelSingleCell软件StatisticalMethodStructuralVariation转录组VariantDetection
版本 1.15.0
在Bioconductor BioC 3.9 (R-3.6)(3.5年)
许可证 BSD_3_clause +文件许可证
取决于 R (>= 4.0)
进口 图形、grDevicesRColorBrewergplotsfutile.logger,统计,utils,方法,phyclust矩阵fastclusterparallelDistdplyrHiddenMarkovggplot2刨边机硬币caTools消化RANNigraphreshape2rjagsfitdistrplus未来foreachdoParallel修拉BiocGenericsSummarizedExperimentSingleCellExperimenttidyr平行,codagridExtraargparse
链接
建议 BiocStyleknitrrmarkdowntestthat
SystemRequirements 缺口4. x.y
增强了
URL https://github.com/broadinstitute/inferCNV/wiki
BugReports https://github.com/broadinstitute/inferCNV/issues
全靠我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 infercnv_1.15.0.tar.gz
Windows二进制 infercnv_1.15.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64) infercnv_1.15.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) infercnv_1.15.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/infercnv
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/infercnv
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/infercnv/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/infercnv/
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