immunotation

DOI:10.18129 / B9.bioc.immunotation

这是发展免疫版本;稳定版请参见immunotation．

研究不同免疫基因的工具

Bioconductor版本:开发(3.17)

MHC(主要组织相容性复合体)分子是细胞表面复合体，向T细胞呈递抗原。在给定的遗传背景中所呈现的抗原库在很大程度上取决于编码的MHC分子的序列，因此，在人类中，取决于高多态性HLA位点的高度可变的HLA(人类白细胞抗原)基因。据报道，超过28000种不同的HLA等位基因，在世界各地的人群中等位基因频率有显著差异。大规模生物信息学工作流程中HLA等位基因的可重复性和一致性注释仍然具有挑战性，因为可用的参考数据库和软件工具通常使用不同的HLA命名方案。包免疫提供了在典型的免疫信息学工作流程中对HLA基因进行一致注释的工具，例如在不同的人类供体中预测mhc提供的多肽。提供不同HLA命名方案之间映射的转换器函数是基于MHC限制本体(MRO)的。该软件包还提供了对存储在等位基因频率网数据库中的全球人类参考人群的HLA等位基因频率的自动访问。

作者:Katharina Imkeller [cre, aut]

维护者:Katharina Imkeller

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("immunotation")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“immunotation”)

超文本标记语言	R脚本	用户引导免疫
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文本		新闻

细节

biocViews	注释，BiomedicalInformatics，遗传学，ImmunoOncology，软件
版本	1.7.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)
进口	stringr，ontologyIndex，旋度，ggplot2，readr，房车，tidyr，xml2，地图，rlang
链接
建议	BiocGenerics，rmarkdown，BiocStyle，knitr，testthat，DT
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/imkeller/immunotation/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	immunotation_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	immunotation_1.7.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	immunotation_1.7.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	immunotation_1.7.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/immunotation
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/免疫
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/immunotation/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/immunotation/
软件包下载报告	下载数据