imcRtools

DOI:10.18129 / B9.bioc.imcRtools

这是发展imcRtools的版本;稳定版请参见imcRtools

成像方法:海量细胞术数据分析

Bioconductor版本:开发(3.17)

这个R包支持处理和分析成像大规模细胞术和其他高度复用的成像数据。主要功能包括在图像分割和测量后读取单细胞数据,数据格式化以执行信道溢出校正和一些空间分析方法。首先,通过空间图构建检测细胞与细胞之间的相互作用;这些图可以用代表节点的单元格和代表边的交互来可视化。此外,每个单元,它的直接邻居被汇总以允许空间聚类。每个图像/分组级别,类型细胞之间的相互作用被计数、平均并与随机排列进行比较。通过这种方式,可以检测到与预期相比,相互作用更频繁(吸引)或更频繁(回避)的细胞类型。

作者:Nils Eling [aut, cre], Tobias Hoch [ctb], Vito Zanotelli [ctb], Jana Fischer [ctb], Daniel Schulz [ctb], Lasse Meyer [ctb]

维护:Nils Eling < Nils。在dqbm.uzh.ch>

引文(从R内,输入引用(“imcRtools”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("imcRtools")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“imcRtools”)

超文本标记语言 R脚本 IMC数据分析工具
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 聚类DataImportImmunoOncologySingleCell软件空间
版本 1.5.2
在Bioconductor bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 4.1),SpatialExperiment
进口 S4Vectors,统计,utils,SummarizedExperiment、方法、pheatmap天窗stringrreadrEBImagecytomapperabindBiocParallel冬青dplyrmagrittrDTigraphSingleCellExperiment发呜呜声BiocNeighborsRTriangleggraphtidygraphggplot2data.table科幻小说concavemantidyselect距离MatrixGenerics
链接
建议 催化剂、网格BiocStyleknitrrmarkdown减价testthat
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/BodenmillerGroup/imcRtools
BugReports https://github.com/BodenmillerGroup/imcRtools/issues
全靠我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 imcRtools_1.5.2.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64) imcRtools_1.5.2.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/imcRtools
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/imcRtools
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/imcRtools/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/imcRtools/
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