imcRtools

DOI:10.18129 / B9.bioc.imcRtools

这是发展imcRtools的版本;稳定版请参见imcRtools．

成像方法:海量细胞术数据分析

Bioconductor版本:开发(3.17)

这个R包支持处理和分析成像大规模细胞术和其他高度复用的成像数据。主要功能包括在图像分割和测量后读取单细胞数据，数据格式化以执行信道溢出校正和一些空间分析方法。首先，通过空间图构建检测细胞与细胞之间的相互作用;这些图可以用代表节点的单元格和代表边的交互来可视化。此外，每个单元，它的直接邻居被汇总以允许空间聚类。每个图像/分组级别，类型细胞之间的相互作用被计数、平均并与随机排列进行比较。通过这种方式，可以检测到与预期相比，相互作用更频繁(吸引)或更频繁(回避)的细胞类型。

作者:Nils Eling [aut, cre]， Tobias Hoch [ctb]， Vito Zanotelli [ctb]， Jana Fischer [ctb]， Daniel Schulz [ctb]， Lasse Meyer [ctb]

维护:Nils Eling < Nils。在dqbm.uzh.ch>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("imcRtools")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“imcRtools”)

超文本标记语言	R脚本	IMC数据分析工具
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，DataImport，ImmunoOncology，SingleCell，软件，空间
版本	1.5.2
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)，SpatialExperiment
进口	S4Vectors，统计，utils，SummarizedExperiment、方法、pheatmap，天窗，stringr，readr，EBImage，cytomapper，abind，BiocParallel，冬青，dplyr，magrittr，DT，igraph，SingleCellExperiment，发呜呜声，BiocNeighbors，RTriangle，ggraph，tidygraph，ggplot2，data.table，科幻小说，concaveman，tidyselect，距离，MatrixGenerics
链接
建议	催化剂、网格BiocStyle，knitr，rmarkdown，减价，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BodenmillerGroup/imcRtools
BugReports	https://github.com/BodenmillerGroup/imcRtools/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	imcRtools_1.5.2.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)	imcRtools_1.5.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/imcRtools
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/imcRtools
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/imcRtools/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/imcRtools/
软件包下载报告	下载数据