IGVR
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doi：10.18129/b9.bioc.igvr
这是发展IGVR的版本;对于稳定版本，请参阅IGVR。
IGVR：集成基因组学查看器
生物导体版本：开发（3.16）
访问网络浏览器中运行的集成基因组观看器IGV.JS。
作者：保罗·香农
维护者：Paul Shannon
引用（从r内，输入引用（“ IGVR”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ igvr”）的用法
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ IGVR”）
| html | R脚本 | 选择股票或自定义基因组 |
| html | R脚本 | 探索来自BAM文件，MacS2窄孔，保护，H3K4ME3甲基化和图案匹配的芯片序列对齐 |
| html | R脚本 | 在阿尔茨海默氏病中探索VCF变体，GWAS SNP，启动子和组蛋白标记 |
| html | R脚本 | 简介：简单的演示 |
| html | R脚本 | 从UCSC表浏览器获取并显示H3K4Me3 K562轨道 |
| html | R脚本 | 配对端交互轨道 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 | |
| 文本 | 执照 |
细节
| 生物浏览 | Genomebrowsers，，，，软件，，，，第三派对人，，，，可视化 |
| 版本 | 1.17.12 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.7（R-3.5）（4年） |
| 执照 | 麻省理工学院 +文件执照 |
| 要看 | r（> = 3.5.0），基因组机，，，，基因组签名，，，，Browserviz（> = 2.17.1） |
| 进口 | 方法，生物基因，，，，httpuv，utils，主题，，，，seqlogo，，，，rtracklayer，，，，变体，，，，rcolorbrewer，，，，httr |
| 链接 | |
| 建议 | 运行，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://paul-shannon.github.io/igvr/ |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | igvr_1.17.12.tar.gz |
| Windows二进制 | IGVR_1.17.12.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | IGVR_1.17.12.TGZ |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/igvr |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/igvr |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/igvr/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
