idr2d

DOI:10.18129 / B9.bioc.idr2d

这是发展idr2d版本;稳定版请参见idr2d．

基因组相互作用数据的不可复制发现率

Bioconductor版本:开发(3.17)

用于测量产生二维峰(峰之间的相互作用)的基因组实验之间的重复性的工具，如ChIA-PET、HiChIP和HiC。idr2d是原始idr包的扩展，用于(一维)ChIP-seq峰值。

作者:康斯坦丁·克里斯默[aut, cre, cph]，大卫·吉福德[ths, cph]

维护者:Konstantin Krismer < Krismer at mit.edu>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("idr2d")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“idr2d”)

超文本标记语言	R脚本	从重复的ChIA-PET实验中鉴定可重复的基因组相互作用
超文本标记语言	R脚本	从重复的ChIP-seq实验中识别可重复的基因组峰
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	分类，DNA3DStructure，表观遗传学，FunctionalGenomics，GeneRegulation，嗝，PeakDetection，软件
版本	1.13.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(3年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.6)
进口	dplyr(> = 0.7.6),futile.logger(> = 3),GenomeInfoDb(> = 1.14.0),GenomicRanges(> = 1.30),ggplot2(>= 3.1.1)， grDevices, grid印尼盾(> = 1.2),IRanges(> = 2.18.0),magrittr(>= 1.5)，方法网状(> = 1.13),尺度(>= 1.0.0)， stats，stringr(>= 1.3.1)， utils
链接
建议	DT(> = 0.4),htmltools(> = 0.3.6),knitr(> = 1.20),rmarkdown(> = 1.10),roxygen2(> = 6.1.0),testthat(> = 2.1.0的)
SystemRequirements	Python (>= 3.5.0)， hicc -straw
增强了
URL	https://idr2d.mit.edu
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	idr2d_1.13.0.tar.gz
Windows二进制	idr2d_1.13.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	idr2d_1.13.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/idr2d
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/idr2d
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/idr2d/
软件包下载报告	下载数据