iSEE

DOI:10.18129 / B9.bioc.iSEE

这是发展iSEE版本;稳定发布版本请参见iSEE．

交互式SummarizedExperiment探险家

Bioconductor版本:开发(3.17)

创建一个交互式的基于shine的图形用户界面，用于探索存储在summarizeexperiment对象中的数据，包括行和列级元数据。该接口支持在图和表之间传输选择、代码跟踪、交互式浏览、交互式或程序化初始化、保存应用程序状态以及通过S4类扩展到新面板类型。对singlecellexperexperiment对象中的单单元数据给予了特别的关注，并提供了降维结果的可视化。

作者:Kevin Rue-Albrecht，费德里科·马里尼[法国]，夏洛特·索尼森[au]，亚伦·伦[au]

维护人员:Kevin Rue-Albrecht

安装

要安装此包，启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("iSEE")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes (iSEE)

超文本标记语言	R脚本	1.iSEE用户指南
超文本标记语言	R脚本	2.跨面板共享信息
超文本标记语言	R脚本	3.配置iSEE应用
超文本标记语言	R脚本	4.ExperimentColorMap类
超文本标记语言	R脚本	5.部署自定义面板
超文本标记语言	R脚本	6.利用iSEE和大数据
超文本标记语言	R脚本	7.语音识别
PDF		参考手册

细节

biocViews	CellBasedAssays，聚类，DimensionReduction，FeatureExtraction，GUI，GeneExpression，ImmunoOncology，SingleCell，软件，转录，转录组，可视化
版本	2.11.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (R-3.5)(4.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	SummarizedExperiment，SingleCellExperiment
进口	方法,BiocGenerics，S4Vectors,跑龙套,统计数据,闪亮的，shinydashboard，shinyAce，shinyjs，DT，rintrojs，ggplot2，ggrepel，colourpicker，igraph，vipor，mgcv、图形、grDevicesviridisLite，shinyWidgets，ComplexHeatmap，circlize、网格
链接
建议	testthat，covr，BiocStyle，knitr，rmarkdown，scRNAseq，TENxPBMCData，嘘，DelayedArray，HDF5Array，RColorBrewer，冬青，htmltools
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/iSEE/iSEE
BugReports	https://github.com/iSEE/iSEE/issues
取决于我	iSEEhex，iSEEu
进口我	iSEEhub
建议我	DuoClustering2018，HCAData，schex，TabulaMurisData，TabulaMurisSenisData
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	iSEE_2.11.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/iSEE
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ iSEE
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/iSEE/
包下载报告	下载数据