hipathia

DOI:10.18129 / B9.bioc.hipathia

这是发展hipathia版本;稳定的发布版本,请参阅hipathia。

HiPathia:高通量途径分析

Bioconductor版本:发展(3.14)

Hipathia是计算的方法从转录组数据的信号转导信号通路。方法是基于迭代算法可以计算出通过一个网络节点的信号强度考虑每一个基因的表达水平和信号的强度。它还提供了一种新方法功能分析允许计算信号到达每个通路的功能注释。

作者:玛尔塔·r·伊达尔戈(aut (cre),何塞Carbonell-Caballero[所有],旧金山Salavert[所有],艾丽西亚Amadoz[所有],Cankut Cubuk[所有],华金Dopazo(施)

维修工:玛尔塔·r·伊达尔戈<玛尔塔。伊达尔戈在outlook.es >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“hipathia”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“hipathia”)

PDF	R脚本	Hipathia包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	去,GeneExpression,GeneSignaling,GraphAndNetwork,通路,软件
版本	2.9.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(3年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.6),igraph(> = 1.0.1),AnnotationHub(> = 2.6.5),MultiAssayExperiment(> = 1.4.9),SummarizedExperiment(> = 1.8.1)
进口	硬币统计数据,limmagrDevices跑龙套,图形,preprocessCore,servr,DelayedArray,matrixStats、方法、S4Vectors
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	hipathia_2.9.0.tar.gz
Windows二进制	hipathia_2.9.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	hipathia_2.9.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/hipathia
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ hipathia
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/hipathia/
包下载报告	下载数据