hiReadsProcessor

DOI:10.18129 / B9.bioc.hiReadsProcessor

这是发展hiReadsProcessor的版本;稳定版请参见hiReadsProcessor．

从454/Illumina数据中处理LM-PCR reads的函数

Bioconductor版本:开发(3.17)

hiReadsProcessor包含一组功能，允许用户处理使用任何平台测序的LM-PCR产物。给定一个包含多路复用参数和样本元数据的excel/txt文件，该函数自动修剪适配器和识别基因组产物。基因组产物进一步进行QC和丰度定量。

作者:Nirav V Malani

维护者:Nirav V Malani

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("hiReadsProcessor")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“hiReadsProcessor”)

超文本标记语言	R脚本	使用hiReadsProcessor
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	预处理，测序，软件
版本	1.35.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(8.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5.0)，Biostrings，GenomicAlignments，BiocParallel，hiAnnotator
进口	sonicLength，dplyr，BiocGenerics，GenomicRanges，readxl、方法
链接
建议	knitr，testthat，减价
SystemRequirements	BLAT, UCSC hg18为BLAT的2bit格式
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	hiReadsProcessor_1.35.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)	hiReadsProcessor_1.35.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	hiReadsProcessor_1.35.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/hiReadsProcessor
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/hiReadsProcessor
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/hiReadsProcessor/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/hiReadsProcessor/
软件包下载报告	下载数据