爱马仕

DOI:10.18129 / B9.bioc.hermes

这是发展爱马仕版;稳定版请参见爱马仕．

RNA-seq数据的预处理、分析和报告

Bioconductor版本:开发(3.17)

提供类和函数，用于预处理RNA-seq数据的质量控制、过滤、归一化和差分表达式分析。数据可以从“summarizeexperiment”和“matrix”对象中导入，也可以从BioMart中进行注释。支持对没有过低表达或包含所需注释的基因进行过滤，也支持对与其他样本有足够相关性或总reads数的样本进行过滤。可以使用“cpm”、“rpkm”、“tpm”等标准归一化方法，还可以使用“DESeq2”和“voom”差分表达式分析。

作者:Daniel Sabanés Bové [aut, cre]， Namrata Bhatia [aut]， Stefanie Bienert [aut]， Benoit Falquet [aut]，李浩成[aut]， Jeff Luong [aut]， Lyndsee Midori Zhang [aut]， Simona Rossomanno [aut]， Tim Treis [aut]， Mark Yan [aut]， Naomi Chang [aut]，廖晨迪[aut]， Carolyn Zhang [aut]， Joseph N. Paulson [aut]

维护人员:Daniel Sabanés Bové < Daniel。Sabanes_bove在roche.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("hermes")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“爱马仕”)

超文本标记语言	R脚本	《爱马仕》简介
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression，归一化，预处理，质量控制，RNASeq，软件
版本	1.3.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	Apache License 2.0 |文件许可证
取决于	ggfortify， r (>= 4.1)，SummarizedExperiment(> = 1.16)
进口	为了，biomaRt，Biobase，BiocGenerics，使彻底失败(> = 2.1),circlize，ComplexHeatmap，DESeq2，dplyr，刨边机，EnvStats，forcats，GenomicRanges，ggplot2，ggrepel(> = 0.9),IRanges，生命周期，limma，magrittr，matrixStats、方法、MultiAssayExperiment，purrr，R6，Rdpack，rlang统计数据,S4Vectors，tidyr,跑龙套
链接
建议	BiocStyle，DelayedArray，DT、网格httr，knitr，rmarkdown，statmod，testthat(> = 2.0),vdiffr，withr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/insightsengineering/hermes/
BugReports	https://github.com/insightsengineering/hermes/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	hermes_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	hermes_1.3.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	hermes_1.3.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	hermes_1.3.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/hermes
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/hermes
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/hermes/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/hermes/
软件包下载报告	下载数据