hapFabia

DOI:10.18129 / B9.bioc.hapFabia

这是发展hapFabia版本;稳定的发布版本,请参阅hapFabia。

hapFabia:短段的识别身份的后裔(IBD)特点是罕见变异在大型测序数据

Bioconductor版本:发展(3.17)

包来确定短IBD段在FABIA biclustering大型测序数据。两个单是相同的血统(IBD)如果他们共享一个段,从一个共同祖先继承。目前的IBD方法可靠,检测IBD长段,因为许多小段的等位基因之间的整合两个单。然而,许多群组研究只包含无关的个人的分享短IBD段。这个包提供了软件识别短IBD片段测序数据。知识逐步短IBD相关片段的基因分型数据,关联研究,种群遗传学,揭示人类的进化史。包支持VCF格式,基于稀疏矩阵操作,并提供可视化的单体型集群不同的格式。

作者:然而Hochreiter < hochreit在bioinf.jku.at >

维护人员:Andreas Mitterecker < Mitterecker在bioinf.jku.at >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“hapFabia”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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PDF	R脚本	hapFabia:手动R包
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文本		新闻

细节

biocViews	聚类,GeneticVariability,遗传学,单核苷酸多态性,SequenceMatching,测序,软件,可视化
版本	1.41.0
Bioconductor自	BioC 2.11 (r - 2.15)(10.5年)
许可证	LGPL (> = 2.1)
取决于	R (> = 3.6.0),Biobase,fabia。(> = 2.3.1)
进口	统计方法、图形grDevices,跑龙套
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.bioinf.jku.at/software/hapFabia/hapFabia.html
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	hapFabia_1.41.0.tar.gz
Windows二进制	hapFabia_1.41.0.zip
macOS二进制(x86_64)	hapFabia_1.41.0.tgz
macOS二进制(arm64)	hapFabia_1.41.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/hapFabia
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ hapFabia
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/hapFabia/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/hapFabia/
包下载报告	下载数据