h5vc

DOI:10.18129 / B9.bioc.h5vc

这是发展h5vc版本;稳定版请参见h5vc．

使用hdf5后端管理对齐计数

Bioconductor版本:开发(3.16)

这个包包含与存储在HDF5文件中的NGS实验数据交互的函数。

作者:Paul Theodor Pyl

维护者:Paul Theodor Pyl < Paul . Theodor。Pyl在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("h5vc")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“h5vc”)

超文本标记语言	R脚本	用h5vc和shiny构建最小基因组浏览器
超文本标记语言	R脚本	h5vc—旅游
PDF		参考手册

细节

biocViews	软件
版本	2.31.0
在Bioconductor	BioC 2.13 (R-3.0)(8.5年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	网格,gridExtra，ggplot2
进口	rhdf5，重塑，S4Vectors，IRanges，Biostrings，Rsamtools(>= 1.99.1)，方法GenomicRanges，abind，BiocParallel，BatchJobs，h5vcData，GenomeInfoDb
链接	Rhtslib(> = 1.15.3)
建议	knitr，locfit，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，biomaRt，BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38，RUnit，BiocGenerics，rmarkdown
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我	h5vcData
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	h5vc_2.31.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/h5vc
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/h5vc
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/h5vc/
软件包下载报告	下载数据