gsean

DOI:10.18129 / B9.bioc.gsean

这是发展gsean版本;稳定的发布版本,请参阅gsean。

基因集富集分析网络

Bioconductor版本:发展(3.18)

生物分子在生物很少单独工作。他们通常彼此合作的方式进行交互。生物过程太复杂,理解不考虑这样的交互。因此,基于网络的程序可以被视为强大的方法来研究复杂的过程。然而,许多分析方法设计了单个基因。据说基因技术基于生物网络如co-expression比那些使用更精确的方式来表示信息列表的基因。这个包的目的是将基因表达和生物网络。生物网络是由基因表达数据和用于基因集富集分析。

作者:Dongmin荣格

维护人员:Dongmin荣格< dmdmjung gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“gsean”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“gsean”)

HTML	R脚本	gsean
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,GeneSetEnrichment,GraphAndNetwork,网络,NetworkEnrichment,通路,软件,StatisticalMethod
版本	1.21.2
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5),fgsea,PPInfer
进口
链接
建议	SummarizedExperiment,pasilla,org.Dm.eg.db,AnnotationDbi,情节knitr WGCNA rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	gsean_1.21.2.tar.gz
Windows二进制	gsean_1.21.2.zip
macOS二进制(x86_64)	gsean_1.21.2.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gsean
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ gsean
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/gsean/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gsean/
包下载报告	下载数据