石墨

DOI:10.18129 / B9.bioc.graphite

这是发展石墨版;稳定版请参见石墨．

路径拓扑环境的相互作用

Bioconductor版本:开发(3.17)

来自KEGG、Panther、PathBank、pharmkb、Reactome SMPDB和WikiPathways数据库的路径拓扑的图对象。

作者:Gabriele Sales [cre]， Enrica Calura [aut]， Chiara Romualdi [aut]

维护者:Gabriele Sales < Gabriele。在unipd.it>销售

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("graphite")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(石墨)

PDF	R脚本	路径拓扑环境的相互作用
PDF		metabolites.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GraphAndNetwork，KEGG，代谢组学，网络，通路，Reactome，软件，ThirdPartyClient
版本	1.45.0
在Bioconductor	BioC 2.9 (R-2.14)(11年)
许可证	AGPL-3
取决于	R(>= 4.2)，方法
进口	AnnotationDbi，图(> = 1.67.1),httr，rappdirs，统计，utils，图形，rlang，purrr
链接
建议	使彻底失败，a4Preproc，所有，BiocStyle，限幅器，codetools，hgu133plus2.db，hgu95av2.db，嫁祸于，knitr，org.Hs.eg.db平行,R.rsp，RCy3，rmarkdown，SPIA(> = 2.2),testthat，topologyGSA(> = 1.4.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/sales-lab/graphite
BugReports	https://github.com/sales-lab/graphite/issues
全靠我
进口我	dce，EnrichmentBrowser，mogsa，multiGSEA，ReactomePA，sSNAPPY，StarBioTrek
建议我	限幅器，InterCellar，metaboliteIDmapping
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	graphite_1.45.0.tar.gz
Windows二进制	graphite_1.45.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	graphite_1.45.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	graphite_1.45.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/graphite
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/graphite
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/graphite/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/graphite/
软件包下载报告	下载数据