gmapR

DOI:10.18129 / B9.bioc.gmapR

这是发展gmapR版本;稳定的发布版本请参见gmapR。

一个到GMAP/GSNAP/GSTRUCT套件的R接口

生物导体版本:开发(3.14)

GSNAP和GMAP是一对用于对齐Tom Wu写的短读数据的工具。该包提供了方便的方法，从R.中使用GMAP和GSNAP。此外，它提供了方法，使用bam_tallytool在每个核苷酸的基础上统计对齐结果。

作者:科里·巴尔，托马斯·吴，迈克尔·劳伦斯

维持者:Michael Lawrence

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("gmapR")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“gmapR”)

PDF	R脚本	gmapR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,软件
版本	1.35.0
Bioconductor自	BioC 2.11 (R-2.15)(8.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.15.0)，方法GenomeInfoDb(> = 1.1.3),GenomicRanges(> = 1.31.8),Rsamtools(> = 1.31.2)
进口	S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),BiocGenerics(> = 0.25.1),rtracklayer(> = 1.39.7),GenomicFeatures(> = 1.31.3),Biostrings,VariantAnnotation(> = 1.25.11)、工具Biobase,BSgenome,GenomicAlignments(> = 1.15.6),BiocParallel
链接
建议	RUnit, BSgenome.Dmelanogaster.UCSC。dm3 BSgenome.Scerevisiae.UCSC。sacCer3、org.Hs.eg.db TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19。knownGene BSgenome.Hsapiens.UCSC。hg19, LungCancerLines
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	HTSeqGenie
进口我	MMAPPR2
建议我	VariantTools
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	gmapR_1.35.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	gmapR_1.35.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gmapR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ gmapR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gmapR/
包下载报告	下载数据