girafe

DOI:10.18129 / B9.bioc.girafe

这是发展girafe版本;稳定的发布版本,请参阅girafe。

基因组的间隔和阅读校准功能的探索

Bioconductor版本:发展(3.17)

包“girafe”处理的基因组水平表示读取从下一代测序数据保持一致。使它包含一个对象类的详细描述与一致读和功能比较基因组的间隔,想象,出口和使用这样的间隔和对齐的读取。因此,包与包ShortRead之间提供了一个链接,IRanges genomeIntervals。

作者:Joern Toedling,来自康斯坦斯Ciaudo,奥利弗Voinnet,伊迪丝听到,伊曼纽尔Barillot,沃尔夫冈•休伯

维护人员:j . Toedling < jtoedling在yahoo.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“girafe”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“girafe”)

PDF	R脚本	基因组的间隔和阅读校准功能的探索
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	测序,软件
版本	1.51.0
Bioconductor自	BioC 2.6 (r - 2.11)(12.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 2.10.0)、方法BiocGenerics(> = 0.13.8),S4Vectors(> = 0.17.25),Rsamtools(> = 1.31.2),时间间隔(> = 0.13.1),ShortRead(> = 1.37.1),genomeIntervals(> = 1.25.1),网格
进口	方法,Biobase,Biostrings(> = 2.47.6)、图形、grDevices统计,跑龙套,IRanges(> = 2.13.12)
链接
建议	质量,org.Mm.eg.db,RColorBrewer
SystemRequirements
增强了	genomeIntervals
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	girafe_1.51.0.tar.gz
Windows二进制	girafe_1.51.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	girafe_1.51.0.tgz
macOS二进制(arm64)	girafe_1.51.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/girafe
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ girafe
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/girafe/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/girafe/
包下载报告	下载数据