ggspavis

DOI:10.18129 / B9.bioc.ggspavis

这是发展ggspavis版本;稳定的发布版本,请参阅ggspavis。

可视化功能空间解决转录组数据

Bioconductor版本:发展(3.17)

可视化功能空间解决转录组数据集存储在SpatialExperiment格式。包括函数来创建多种类型的情节从spot数据基于(例如10 x基因组Visium)和分子(如seqFISH)技术平台。

作者:卢卡斯·m·韦伯(aut (cre)海伦娜l . Crowell (aut)

维护人员:卢卡斯·m·韦伯在gmail.com < lukas.weber.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“ggspavis”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ggspavis”)

HTML	R脚本	ggspavis概述
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	SingleCell,软件,空间,转录组
版本	1.5.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	ggplot2
进口	SpatialExperiment,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,ggside、网格方法,统计数据
链接
建议	BiocStyle,rmarkdown,knitr,STexampleData,BumpyMatrix,嘘,食物,uwot,testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/lmweber/ggspavis
BugReports	https://github.com/lmweber/ggspavis/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ggspavis_1.5.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)	ggspavis_1.5.0.tgz
macOS二进制(arm64)	ggspavis_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ggspavis
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ggspavis
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ggspavis/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ggspavis/
包下载报告	下载数据