ggbio

DOI:10.18129 / B9.bioc.ggbio

这是发展ggbio版本;稳定版请参见ggbio．

基因组数据的可视化工具

Bioconductor版本:开发(3.16)

ggbio包扩展并专门化了生物数据的图形语法。这些图表旨在回答常见的科学问题，特别是那些经常被问到的高通量基因组数据。在适当的情况下，支持所有核心Bioconductor数据结构。该软件包支持特定基因组区域的详细视图，以及全基因组概述。支持的概览包括表意文字和大线性视图。高级图包括序列片段长度、到数据视图的边链接间隔、不匹配堆积和几个拼接摘要。

作者:尹腾飞[aut]， Michael Lawrence [aut, ths, cre]， Dianne Cook [aut, ths]， Johannes Rainer [ctb]

维护者:Michael Lawrence

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("ggbio")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ggbio”)

PDF		第0部分:介绍和快速入门
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	基础设施，软件，可视化
版本	1.45.0
在Bioconductor	BioC 2.9 (R-2.14)(11年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	方法,BiocGenerics，ggplot2(> = 1.0.0)
进口	网格，grDevices，图形，统计，utils，gridExtra，尺度，reshape2，gtable，Hmisc，biovizBase(> = 1.29.2),Biobase，S4Vectors(> = 0.13.13),IRanges(> = 2.11.16),GenomeInfoDb(> = 1.1.3),GenomicRanges(> = 1.29.14),SummarizedExperiment，Biostrings，Rsamtools(> = 1.17.28),GenomicAlignments(> = 1.1.16),BSgenome，VariantAnnotation(> = 1.11.4),rtracklayer(> = 1.25.16),GenomicFeatures(> = 1.29.11),OrganismDbi，GGally，ensembldb(> = 1.99.13),AnnotationDbi，AnnotationFilter，rlang
链接
建议	vsn，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，Homo.sapiens，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene，knitr，BiocStyle，testthat，EnsDb.Hsapiens.v75，tinytex
SystemRequirements
增强了
URL	https://lawremi.github.io/ggbio/
BugReports	https://github.com/lawremi/ggbio/issues
全靠我	咖啡馆，intansv
进口我	BOBaFIT，cageminer，derfinderPlot，火焰，GenomicOZone，msgbsR，R3CPET，ReportingTools，RiboProfiling，颈背，SomaticSignatures
建议我	bambu，beadarray，ensembldb，gwascat，interactiveDisplay，NanoporeRNASeq，NanoStringNCTools，π，regionReport，RnBeads，Single.mTEC.Transcriptomes，SomaticCancerAlterations，StructuralVariantAnnotation，universalmotif
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ggbio_1.45.0.tar.gz
Windows二进制	ggbio_1.45.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	ggbio_1.45.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ggbio
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ggbio
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ggbio/
软件包下载报告	下载数据