这是发展geva版本;稳定的发布版本,请参阅geva。
Bioconductor版本:发展(3.17)
统计方法评估变化的微分表达式(DE)多个生物之间的条件。它考虑fold-changes和假定值从先前的微分表达式(DE)的结果,使用大规模数据(*。*,微阵列和RNA-seq)和评估哪些基因在应对不同的反应实验。这个评估包括统计方法的一个独特的管道,包括加权汇总,分位数检测、聚类分析、方差分析测试,以分类的一个子集相关基因的德是相似或相关的某些生物因素。
作者:伊塔玛穆吉马良斯Nunes (aut (cre)的职位,Zanini大卫[所有],布鲁诺塞萨尔薄饼(施),Marcio多恩(施)
维护人员:伊塔玛穆吉马良斯Nunes < nunesijg gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“geva”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“geva”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“geva”)
R脚本 | GEVA | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 分类,DifferentialExpression,GeneExpression,微阵列,MultipleComparison,RNASeq,软件,SystemsBiology,转录组 |
版本 | 1.7.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.13 (r - 4.1)(2年) |
许可证 | LGPL-3 |
取决于 | R (> = 4.1) |
进口 | grDevices、图形的方法,统计,跑龙套,dbscan,fastcluster,matrixStats |
链接 | |
建议 | devtools,knitr,rmarkdown,roxygen2,limma,topGO,testthat(> = 3.0.0) |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/sbcblab/geva |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | geva_1.7.0.tar.gz |
Windows二进制 | geva_1.7.0.zip |
macOS二进制(x86_64) | geva_1.7.0.tgz |
macOS二进制(arm64) | |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/geva |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ geva |
Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/geva/ |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/geva/ |
包下载报告 | 下载数据 |