getDEE2

DOI:10.18129 / B9.bioc.getDEE2

这是发展getDEE2版本;稳定的发布版本,请参阅getDEE2。

编程访问DEE2 RNA表达数据集

Bioconductor版本:发展(3.18)

数字表达探险家2(简称DEE2)的存储库处理RNA-seq数据项的形式。它就是这样设计的,研究人员可以进行分析和快速轻松地RNA-seq发表研究的荟萃分析。截至2020年4月,超过100万SRA数据集处理。这个包提供了一个R接口来访问这些表达数据。可以找到更多信息DEE2项目在项目主页(http://dee2.io)和主要出版(https://doi.org/10.1093/gigascience/giz022)。

作者:马克Ziemann (aut (cre),安东尼Kaspi (aut)

维护人员:马克Ziemann <马克。在gmail.com ziemann >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“getDEE2”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“getDEE2”)

HTML	R脚本	getDEE2
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,测序,软件,转录组
版本	1.11.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0)
进口	属性,跑龙套,SummarizedExperiment,htm2txt
链接
建议	knitr、testthat rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/markziemann/getDEE2
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	getDEE2_1.11.0.tar.gz
Windows二进制	getDEE2_1.11.0.zip
macOS二进制(x86_64)	getDEE2_1.11.0.tgz
macOS二进制(arm64)	getDEE2_1.11.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/getDEE2
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ getDEE2
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/getDEE2/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/getDEE2/
包下载报告	下载数据