gep2pep

DOI:10.18129 / B9.bioc.gep2pep

这是发展gep2pep版本;稳定版请参见gep2pep．

途径表达谱(PEPs)的创建与分析

Bioconductor版本:开发(3.17)

途径表达谱(pep)是基于途径的表达(定义为一组基因)，而不是单个基因。该软件包将基因表达谱转换为pep，并分别对通路和实验条件进行富集分析，如“药物集富集分析”和“gene2drug”药物发现分析。

作者:Francesco Napolitano

维护者:Francesco Napolitano

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("gep2pep")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“gep2pep”)

超文本标记语言	R脚本	gep2pep介绍
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，DimensionReduction，去，GeneExpression，GeneSetEnrichment，通路，软件
版本	1.19.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(5年)
许可证	GPL-3
取决于
进口	回购(> = 2.1.1),foreach，统计，utils，GSEABase、方法、Biobase，XML，rhdf5，消化，迭代器
链接
建议	WriteXLS，testthat，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	gep2pep_1.19.0.tar.gz
Windows二进制	gep2pep_1.19.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	gep2pep_1.19.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	gep2pep_1.19.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gep2pep
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/gep2pep
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/gep2pep/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gep2pep/
软件包下载报告	下载数据