- 家
- Bioconductor 3.16
- 软件包
- genotypeeval(开发版)
genotypeeval
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DOI:10.18129 / B9.bioc.genotypeeval
这是发展genotypeeval版本;稳定的发布版本,请参阅genotypeeval。
QA / QC gVCF或VCF文件
Bioconductor版本:发展(3.16)
需要在gVCF或VCF和报告指标来评估质量的电话。
作者:珍妮弗·汤姆(aut (cre)
维护人员:珍妮弗·汤姆<汤姆。詹妮弗:gene.com >
从内部引用(R,回车引用(“genotypeeval”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“genotypeeval”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“genotypeeval”)
| HTML | genotypeeval_vignette.html | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | BatchEffect,DataImport,遗传学,单核苷酸多态性,测序,软件,VariantAnnotation |
| 版本 | 1.29.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.2 (r - 3.2)(6.5年) |
| 许可证 | 文件许可证 |
| 取决于 | R (> = 3.4.0),VariantAnnotation |
| 进口 | ggplot2,rtracklayer,BiocGenerics,GenomicRanges,GenomeInfoDb,IRanges、方法、BiocParallel、图形、统计数据 |
| 链接 | |
| 建议 | rmarkdown,testthat,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | genotypeeval_1.29.0.tar.gz |
| Windows二进制 | genotypeeval_1.29.0.zip |
| macOS 10.13(高山脉) | genotypeeval_1.29.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genotypeeval |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ genotypeeval |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/genotypeeval/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
