genomation

DOI:10.18129 / B9.bioc.genomation

这是发展genomation版本;稳定的发布版本,请参阅genomation。

基因组数据的摘要、注释和可视化

Bioconductor版本:发展(3.17)

计划总结和注释的基因间隔。用户可以想象和量化基因间隔超过预定义的功能区域,如启动子,外显子,内含子,等。基因间隔代表定义染色体位置的地区,这可能被关联到一个分数,如对齐读取HT-seq实验中,TF结合位点甲基化分数等,包可以使用任何表格基因组特征数据只要最少的信息在基因组的位置间隔。此外,它可以使用BAM或有重大影响的文件作为输入。

作者:Altuna Akalin (aut (cre) Vedran因特网(aut (cre) Katarzyna Wreczycka (aut),亚历山大Gosdschan[所有],利兹Ing-Simmons[所有],Bozena Mika-Gospodorz(施)

维护人员:Altuna Akalin < aakalin gmail.com >, Vedran因特网< vedran.franke gmail.com >, Katarzyna Wreczycka < katwre gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“genomation”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“genomation”)

HTML	R脚本	genomation
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,CpGIsland,测序,软件,可视化
版本	1.31.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(8年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 3.5.0),网格
进口	Biostrings(> = 2.47.6),BSgenome(> = 1.47.3),data.table,GenomeInfoDb,GenomicRanges(> = 1.31.8),GenomicAlignments(> = 1.15.6),S4Vectors(> = 0.17.25),ggplot2,gridBase,嫁祸于,IRanges(> = 2.13.12),matrixStats、方法、并行plotrix,plyr,readr,reshape2,Rsamtools(> = 1.31.2),seqPattern,rtracklayer(> = 1.39.7),Rcpp(> = 0.12.14)
链接	Rcpp
建议	BiocGenerics,genomationData,knitr,RColorBrewer,rmarkdown,RUnit
SystemRequirements
增强了
URL	http://bioinformatics.mdc-berlin.de/genomation/
BugReports	https://github.com/BIMSBbioinfo/genomation/issues
取决于我
进口我	CexoR,EpiCompare,fCCAC,美国广播公司
建议我	methylKit
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	genomation_1.31.0.tar.gz
Windows二进制	genomation_1.31.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	genomation_1.31.0.tgz
macOS二进制(arm64)	genomation_1.31.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genomation
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ genomation
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/genomation/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/genomation/
包下载报告	下载数据