geneplast

DOI:10.18129 / B9.bioc.geneplast

这是发展基因质体版本;稳定版请参见geneplast．

同源群的进化和可塑性分析

Bioconductor版本:开发(3.17)

基因质体是为进化和可塑性分析而设计的，基于给定物种树中同源群的分布。利用香农信息论和正交丰度来估计进化可塑性指数。此外，它实现了桥梁算法，以确定一个给定的基因的进化根基于其正交分布。

作者:Rodrigo Dalmolin, Mauro Castro

维护者:Mauro Castro < Mauro .a.。卡斯特罗在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("geneplast")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“geneplast”)

超文本标记语言	R脚本	基因质体:进化生根和可塑性分析。
超文本标记语言	R脚本	Trefflich2019的支持材料。
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneRegulation，遗传学，软件，SystemsBiology
版本	1.25.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(6.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R(>= 4.0)，方法
进口	igraph，雪，猿， grDevices，图形，统计，utils，data.table
链接
建议	研制，RUnit，BiocGenerics，BiocStyle，knitr，rmarkdown，Fletcher2013b，geneplast.data.string.v91，ggplot2，ggpubr，plyr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我	geneplast.data，TreeAndLeaf
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	geneplast_1.25.0.tar.gz
Windows二进制	geneplast_1.25.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	geneplast_1.25.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	geneplast_1.25.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/geneplast
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/geneplast
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/geneplast/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/geneplast/
软件包下载报告	下载数据