这是发展gcapc版本;稳定的发布版本请参见gcapc。
生物导体版本:开发(3.13)
峰值调用ChIP-seq数据,考虑到测序reads中潜在的GC偏倚。首先利用广义线性混合模型利用有效的GC策略估计GC偏差,然后将其应用到峰值显著性估计中。
作者:滕明祥,Rafael A. Irizarry
维持人:滕明翔
引文(从R中输入引用(“gcapc”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("gcapc")
有关较旧版本的R,请参阅适当的Bioconductor释放。
要查看系统中安装的软件包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“gcapc”)
超文本标记语言 | R脚本 | gcapc用户指南 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | BatchEffect,ChIPSeq,PeakDetection,测序,软件 |
版本 | 1.15.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.5 (R-3.4)(4年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (> = 3.4) |
进口 | BiocGenerics,GenomeInfoDb,S4Vectors,IRanges,Biostrings,BSgenome,GenomicRanges,Rsamtools,GenomicAlignments,matrixStats,质量,样条,grDevices,图形,统计,方法 |
链接 | |
建议 | BiocStyle,knitr,rmarkdown,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/tengmx/gcapc |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
源包 | gcapc_1.15.0.tar.gz |
Windows二进制 | gcapc_1.15.0.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | gcapc_1.15.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gcapc |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ gcapc |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/gcapc/ |
包下载报告 | 下载数据 |