gcapc

DOI:10.18129 / B9.bioc.gcapc

这是发展gcapc版本;稳定的发布版本请参见gcapc

GC感知峰值呼叫者

生物导体版本:开发(3.13)

峰值调用ChIP-seq数据,考虑到测序reads中潜在的GC偏倚。首先利用广义线性混合模型利用有效的GC策略估计GC偏差,然后将其应用到峰值显著性估计中。

作者:滕明祥,Rafael A. Irizarry

维持人:滕明翔

引文(从R中输入引用(“gcapc”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("gcapc")

有关较旧版本的R,请参阅适当的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“gcapc”)

超文本标记语言 R脚本 gcapc用户指南
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews BatchEffect,ChIPSeq,PeakDetection,测序,软件
版本 1.15.0
Bioconductor自 BioC 3.5 (R-3.4)(4年)
许可证 GPL-3
取决于 R (> = 3.4)
进口 BiocGenerics,GenomeInfoDb,S4Vectors,IRanges,Biostrings,BSgenome,GenomicRanges,Rsamtools,GenomicAlignments,matrixStats,质量,样条,grDevices,图形,统计,方法
链接
建议 BiocStyle,knitr,rmarkdown,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/tengmx/gcapc
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包 gcapc_1.15.0.tar.gz
Windows二进制 gcapc_1.15.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) gcapc_1.15.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gcapc
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ gcapc
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/gcapc/
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Bioconductor

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  • 正常词 邮件列表-为包开发人员bob电竞体育官网