gcapc

DOI:10.18129 / B9.bioc.gcapc

这是发展gcapc版本;稳定的发布版本请参见gcapc。

GC感知峰值呼叫者

生物导体版本:开发(3.13)

峰值调用ChIP-seq数据，考虑到测序reads中潜在的GC偏倚。首先利用广义线性混合模型利用有效的GC策略估计GC偏差，然后将其应用到峰值显著性估计中。

作者:滕明祥，Rafael A. Irizarry

维持人:滕明翔

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("gcapc")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“gcapc”)

超文本标记语言	R脚本	gcapc用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect,ChIPSeq,PeakDetection,测序,软件
版本	1.15.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (R-3.4)(4年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.4)
进口	BiocGenerics,GenomeInfoDb,S4Vectors,IRanges,Biostrings,BSgenome,GenomicRanges,Rsamtools,GenomicAlignments,matrixStats,质量，样条，grDevices，图形，统计，方法
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/tengmx/gcapc
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	gcapc_1.15.0.tar.gz
Windows二进制	gcapc_1.15.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	gcapc_1.15.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gcapc
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ gcapc
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gcapc/
包下载报告	下载数据