gCrisprTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.gCrisprTools

这是发展gCrisprTools版本;稳定版请参见gCrisprTools．

集合Crispr筛选QC和分析的功能套件

Bioconductor版本:开发(3.17)

用于评估汇集的高通量筛选实验的工具集，通常采用CRISPR/Cas9或shRNA表达盒。包含在实验中询问库和盒式行为的方法，识别差异丰富的盒式，聚集信号以确定经验验证的候选目标，假设检验和综合报告。版本2.0扩展了这些应用程序，包括各种工具，用于在许多实验中对信号进行上下文化和集成，通过“sparrow”包集成了扩展的信号丰富方法，并简化了许多形式需求，以帮助提高可解释性。

作者:Russell Bainer, Dariusz Ratman, Steve Lianoglou, Peter Haverty

维护者:Russell Bainer

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("gCrisprTools")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“gCrisprTools”)

超文本标记语言	R脚本	Contrast_Comparisons_gCrisprTools
超文本标记语言	R脚本	Example_Workflow_gCrisprTools
超文本标记语言	R脚本	gCrisprTools_Vignette
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BiomedicalInformatics，CRISPR，CellBiology，DifferentialExpression，ExperimentalDesign，FunctionalGenomics，GeneSetEnrichment，遗传学，ImmunoOncology，MultipleComparison，归一化，遗传药理学，药物基因组学，PooledScreens，预处理，质量控制，RNASeq，回归，软件，SystemsBiology，可视化
版本	2.5.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(6.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.1)
进口	Biobase，limma，RobustRankAggreg，ggplot2，SummarizedExperiment、网格rmarkdown， grDevices，图形，方法，ComplexHeatmap，统计，utils，并行
链接
建议	刨边机，knitr，AnnotationDbi，org.Mm.eg.db，org.Hs.eg.db，BiocGenerics，减价，RUnit，麻雀，msigdbr，fgsea
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	gCrisprTools_2.5.0.tar.gz
Windows二进制	gCrisprTools_2.5.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	gCrisprTools_2.5.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	gCrisprTools_2.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gCrisprTools
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/gCrisprTools
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/gCrisprTools/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gCrisprTools/
软件包下载报告	下载数据