flowWorkspace

DOI:10.18129 / B9.bioc.flowWorkspace

这是发展flowWorkspace的版本;稳定版请参见flowWorkspace．

表示门控和非门控细胞术数据集并与之交互的基础设施。

Bioconductor版本:开发(3.17)

这个包的设计是为了方便比较自动门控方法和在flowJo中进行的手动门控方法。这个包允许您将基本的flowJo工作区导入到BioConductor中，并使用flowCore功能从flowJo复制门控。将执行门控层次结构、样本组、补偿和转换，以便输出与flowJo分析匹配。

作者:Greg Finak, Mike Jiang

维护者:Greg Finak < Greg at ozette.com>， Mike Jiang < Mike at ozette.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("flowWorkspace")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“flowWorkspace”)

超文本标记语言	R脚本	flowWorkspace简介:一个用于存储和操作门控流数据的包
超文本标记语言	R脚本	如何合并GatingSets
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		安装
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport，DataRepresentation，FlowCytometry，ImmunoOncology，预处理，软件
版本	4.11.1
在Bioconductor	BioC 2.9 (R-2.14)(11年)
许可证	agpl - 3.0
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	Biobase，BiocGenerics，cytolib(> = 2.3.9),XML，ggplot2，图，图形，grDevices，方法，统计，stats4, utils，RBGL、工具、Rgraphviz，data.table，dplyr，尺度，matrixStats，RProtoBufLib，flowCore(> = 2.1.1),ncdfFlow(> = 2.25.4),DelayedArray，S4Vectors
链接	cpp11，黑洞(> = 1.62.0-1),RProtoBufLib(> = 1.99.4),cytolib(> = 2.3.7),Rhdf5lib
建议	testthat，flowWorkspaceData(> = 2.23.2),knitr，rmarkdown，ggcyto平行,CytoML，openCyto
SystemRequirements	GNU制作，c++ 11
增强了
URL
全靠我	ggcyto，highthroughputassays
进口我	CytoML，flowDensity，flowStats，ImmuneSpaceR，openCyto，PeacoQC
建议我	催化剂，指南针，flowClust，flowCore，FlowSOM
链接到我	CytoML
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	flowWorkspace_4.11.1.tar.gz
Windows二进制	flowWorkspace_4.11.1.zip
macOS二进制文件(x86_64)	flowWorkspace_4.11.1.tgz
macOS二进制文件(arm64)	flowWorkspace_4.11.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/flowWorkspace
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/flowWorkspace
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/flowWorkspace/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/flowWorkspace/
软件包下载报告	下载数据