flowTime

DOI:10.18129 / B9.bioc.flowTime

这是发展flowTime的版本;稳定发布版本请参见flowTime．

流式细胞术对生物动力系统的注释和分析

Bioconductor版本:开发(3.17)

该软件包便于时间过程和稳态流式细胞术实验的分析。该试剂盒最初是为了用BD Accuri C6和SORP细胞仪定量表达荧光报告蛋白的酵母(菌株W303)的基因调节网络功能而开发的。然而，其功能在大多数情况下是通用的，可能适用于使用其他流式细胞仪分析其他生物体。这个包中的功能促进了流式细胞术数据与实验元数据的注释，通常需要发表和一般的易于重用。还包括创建、保存和加载门集的函数。在过去，我们通常为每个时间点的每个流程集生成汇总统计信息，然后注释和分析这些汇总统计信息。这种方法失去了大量来自流式细胞术中产生的单个细胞数据的能力，本质上是将这些数据折叠成子集后的批量测量。除了这些汇总函数之外，这个包还包含一些函数，用于利用从每个样本中数千个单个细胞收集的所有数据，促进对稳态或延时数据的注释和分析。

作者:R. Clay Wright [aut, cre]， Nick Bolten [aut]， Edith Pierre-Jerome [aut]

维护人员:R. Clay Wright < Wright。克莱在gmail.com>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用bio devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("flowTime")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“flowTime”)

超文本标记语言	R脚本	流式细胞术数据的稳态分析
超文本标记语言	R脚本	流式细胞术数据的时间过程分析
超文本标记语言	R脚本	酵母控制
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CellBasedAssays，DataImport，FlowCytometry，ImmunoOncology，软件，TimeCourse，可视化
版本	1.23.0
在Bioconductor公司	BioC 3.5 (R-3.4)(5.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.4)，flowCore
进口	跑龙套,dplyr(> = 1.0.0),宠物猫，magrittr，plyr，rlang
链接
建议	knitr，rmarkdown，flowViz，ggplot2，BiocGenerics统计数据,flowClust，openCyto，flowStats，ggcyto
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	flowTime_1.23.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/flowTime
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/flowTime
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/flowTime/
软件包下载报告	下载数据