鱼池

DOI:10.18129 / B9.bioc.fishpond

这是发展鱼池的版本;稳定的发布版本,请参阅鱼池。

鱼池:下游表达数据的方法和工具

Bioconductor版本:发展(3.16)

鱼池包含微分的方法记录使用推论RNA-seq数据复制和基因表达分析的不确定性量化,由吉布斯抽样或引导抽样。还包包含许多实用程序用于处理大马哈鱼和小鲑鱼量化文件。

作者:Anqi朱(aut,施莱),迈克尔·爱(aut (cre), Avi斯利瓦斯塔瓦(aut,施莱),抢劫Patro (aut,施莱),约瑟夫·易卜拉欣(aut,施莱)Hirak Sarkar[所有],吴Euphy[所有],努尔普拉塔普辛格(施)斯科特·范布伦(施)Dongze他(施),史蒂夫Lianoglou[所有],韦斯·威尔逊(施),珀斯吉利·(施)

维修工:迈克尔爱< michaelisaiahlove gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“鱼塘”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“鱼塘”)

HTML	R脚本	1。嗖嗖声:DE分析占推理的不确定性
HTML	R脚本	2。跷跷板,鲑鱼和时髦的等位基因表达分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing,BatchEffect,DifferentialExpression,DifferentialSplicing,GeneExpression,MultipleComparison,归一化,RNASeq,回归,测序,SingleCell,软件,转录,可视化
版本	2.3.21
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(3.5年)
许可证	GPL-2
取决于
进口	图形、统计、跑龙套、方法abind,gtools,qvalue,S4Vectors,IRanges,SummarizedExperiment,GenomicRanges,matrixStats,svMisc,矩阵,SingleCellExperiment,jsonlite
链接
建议	testthat,knitr,rmarkdown,巨噬细胞,tximeta,org.Hs.eg.db,samr,DESeq2,apeglm,tximportData,limma,ensembldb,EnsDb.Hsapiens.v86,GenomicFeatures,AnnotationDbi,pheatmap,Gviz,GenomeInfoDb,data.table
SystemRequirements
增强了
URL	https://mikelove.github.io/fishpondhttps://github.com/mikelove/fishpond
BugReports	https://support.bioconductor.org/tag/fishpond
取决于我
进口我	singleCellTK
建议我	tximeta
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	fishpond_2.3.21.tar.gz
Windows二进制	fishpond_2.3.21.zip
macOS 10.13(高山脉)	fishpond_2.3.21.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fishpond
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/鱼池
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/fishpond/
包下载报告	下载数据