fgsea

DOI:10.18129 / B9.bioc.fgsea

这是发展fgsea版本;稳定的发布版本,请参阅fgsea。

快速基因集富集分析

Bioconductor版本:发展(3.16)

包的实现一个算法快速基因集富集分析。使用快速算法可以使更多的排列和得到更多的细粒度的假定值,它允许使用多个假设准确不论是标准方法校正。

作者:Gennady Korotkevich (aut),弗拉基米尔·ukhov (aut), Nikolay Budin[所有],阿列克谢Sergushichev (aut (cre)

维护人员:Alexey Sergushichev < alsergbox gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“fgsea”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“fgsea”)

HTML	R脚本	使用fgsea的包
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文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,GeneSetEnrichment,通路,软件
版本	1.23.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(6年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.3)
进口	Rcpp,data.table,BiocParallel统计数据,ggplot2(> = 2.2.0),gridExtra、网格fastmatch,矩阵,跑龙套
链接	Rcpp,黑洞
建议	testthat,knitr,rmarkdown,reactome.db,AnnotationDbi平行,org.Mm.eg.db,limma,GEOquery
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/ctlab/fgsea/
BugReports	https://github.com/ctlab/fgsea/issues
取决于我	gsean,metapone,PPInfer
进口我	ASpediaFI,ATACCoGAPS,CelliD,CEMiTool,clustifyr,cTRAP,剂量,EventPointer,fobitools,lipidr,mCSEA,multiGSEA,纳米管,omicsViewer,phantasus,钢琴,RegEnrich,signatureSearch,ViSEAGO
建议我	Cepo,解耦,gCrisprTools,mdp,pareg,π,麻雀,ttgsea
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	fgsea_1.23.0.tar.gz
Windows二进制	fgsea_1.23.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	fgsea_1.23.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fgsea
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ fgsea
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/fgsea/
包下载报告	下载数据