fedup

DOI:10.18129 / B9.bioc.fedup

这是发展fedup版本;稳定的发布版本,请参阅fedup。

费雪的浓缩和损耗的测试用户定义的路径

Bioconductor版本:发展(3.18)

浓缩和损耗的R包测试使用一个确切概率法定义的路径。该方法是专为通用的途径(如注释格式。格林尼治时间,txt xlsx)允许用户自定义注解上运行路径分析。这个包也结合Cytoscape提供基于网络的通路可视化,提高结果的可解释性。

作者:凯瑟琳·罗斯(aut (cre)

维护人员:凯瑟琳·罗斯< catherinem。罗斯在mail.utoronto.ca >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“fedup”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“fedup”)

HTML	R脚本	fedup_doubleTest.html
HTML	R脚本	fedup_mutliTest.html
HTML	R脚本	fedup_singleTest.html
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneSetEnrichment,网络,NetworkEnrichment,通路,软件
版本	1.9.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(2年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1)
进口	宠物猫,openxlsx dplyr,数据。表、ggplot2 ggthemes、forcats RColorBrewer,RCy3跑龙套,统计数据
链接
建议	biomaRt,testthat tidyr knitr、rmarkdown devtools covr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/rosscm/fedup
BugReports	https://github.com/rosscm/fedup/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	fedup_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	fedup_1.9.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	fedup_1.9.0.tgz
macOS二进制(arm64)	fedup_1.9.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fedup
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ fedup
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/fedup/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/fedup/
包下载报告	下载数据