fcScan

DOI:10.18129 / B9.bioc.fcScan

这是发展fsccan版本;稳定版请参见fcScan．

fsccan用于检测用户定义选项的坐标集群

Bioconductor版本:开发(3.16)

该包用于检测落在用户定义的窗口大小内的基因组坐标组合，以及用户定义的已识别的相邻簇之间的重叠。它可以用于基因组数据，其中簇建立在特定染色体或特定链上。集群可以使用“贪婪”选项执行，允许在允许的窗口大小内出现额外的站点。

作者:Abdullah El-Kurdi [aut]， Ghiwa khalil [aut]， Georges Khazen [ctb]， Pierre Khoueiry [aut, cre]

维护者:Pierre Khoueiry Abdullah El-Kurdi

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("fcScan")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“fcScan”)

超文本标记语言	R脚本	fcScan
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，GenomeAnnotation，软件
版本	1.11.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(2.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	统计数据,plyr，VariantAnnotation，SummarizedExperiment，rtracklayer，GenomicRanges、方法、IRanges，foreach，doParallel、并行
链接
建议	RUnit，BiocGenerics，BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	fcScan_1.11.0.tar.gz
Windows二进制	fcScan_1.11.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	fcScan_1.11.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fcScan
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ fsccan
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/fcScan/
软件包下载报告	下载数据